Vlaanderen huldigt het principe 'de vervuiler betaalt’. Via de milieuheffingen op afvalstoffen wordt dit gedeeltelijk gerealiseerd. In hoofdzaak is het storten en verbranden van afvalstoffen een heffingsplichtige activiteit. De stortplaats en verbrandingsoven betalen heffing per ton afval. Deze heffing is afhankelijk van het soort afval, het soort verwerkingsinrichting en de verwerkingswijze, bijvoorbeeld het verbranden van afval met al dan niet energierecuperatie.
In concreto betekent dit dat de betaalde heffing zal doorgerekend worden aan de klanten/afvalleveranciers van de uiteindelijke verwerkingsinrichting. De klanten verrekenen dit op hun beurt. Op die manier wordt de heffing en de verwerkingskost, voor zover mogelijk, doorgerekend naar de uiteindelijke afvalproducent.
Ook de uitvoer van in Vlaanderen geproduceerd afval is heffingsplichtig. De heffing wordt geïnd via de ophaler.